Eubakterien lassen sich in vier Hauptkategorien einteilen: Gram-positive Eubakterien, Proteobakterien, Cyanobakterien und Spirochäten. Eubakterien sind viel häufiger als Archaebakterien, die eng verwandte Mitglieder der Prokaryonten-Abteilung sind. Eubakterien leben in vielen Gebieten auf der ganzen Welt, einschließlich einiger der extremsten und unwirtlichsten Umgebungen.
Viele Eubakterien sind nur auf der komplexesten zellulären Ebene unterscheidbar. Gram-positive Eubakterien werden anhand einer Technik namens Gram-Färbung identifiziert und klassifiziert. Dieses Verfahren beinhaltet den Nachweis des Peptidoglykanvolumens, das in den Zellwänden dieser Organismen vorhanden ist. Wenn diese Substanz vorhanden ist, leiten spezielle Farbstoffe diese Informationen an die Forscher zurück, die den Organismus dann als grampositiv einstufen können. Diese Bakterien sind bösartig, aber nicht tödlich. Beim Menschen verursachen sie Krankheiten wie Streptokokken und Atemwegsinfektionen. Proteobakterien umfassen die am weitesten verbreiteten und aktivsten Eubakterien. Eine Art von Proteobakterien sind die Darmbakterien, zu denen die Spezies E. coli gehört. Diese Bakteriengruppe umfasst Organismen, die Stickstoff binden, indem sie das Gas in Substanzen umwandeln, die dann zur Bildung von Aminosäuren und Nukleinsäuren verwendet werden. Cyanobakterien umfassen Organismen, die Sauerstoff produzieren und der Photosynthese unterliegen. Diese Bakterien werden allgemein als Blaualgen bezeichnet und kommen in Seen, Bächen und anderen Gewässern vor. Schließlich sind Spirochäten spiralförmige Eubakterien, die in aeroben und anaeroben Formen vorkommen.
