Eubakterien und Archaebakterien weisen mehrere wichtige biologische Unterschiede auf, hauptsächlich in der Membran- und Wandstruktur ihrer Zellen. Eubakterien und Archaebakterien haben ähnliche allgemeine Zellstrukturen, aber die Zusammensetzung und Anordnung dieser Zellkomponenten ist bemerkenswert unterschiedlich. Archaeen haben wie Eubakterien keine inneren Membranen und verwenden Geißeln zum Manövrieren, haben aber Zellwände aus Peptidoglycan
Eubakterien und Archaeen unterscheiden sich nicht nur in ihrer Zellstruktur, sondern weisen auch unterschiedliche Geißeln auf. Die in Archaeabakterien gefundenen Geißeln stammen von der bakteriellen Pili-Art IV ab, während die Geißeln von Eubakterien vom Typ III-Sekretionssystem stammen. Eubacteria flagellum ist dünn und stielartig, hat ein hohles Zentrum und besteht aus winzigen Untereinheiten. Die in Archaeen gefundenen sind dagegen kürzer, breiter und direkt an der Basis befestigt. Beide Organismen vermehren sich ungeschlechtlich durch den Prozess der binären Spaltung, gefolgt von Knospung und Fragmentierung. Eubakterien bilden jedoch Sporen, die mehrere Jahre ruhen können; dieses Merkmal wird von Archaeen nicht ausgedrückt. Eubakterien und Archaeabakterien teilen sich mehrere überlappende Lebensräume, wie heiße Quellen, in der Erdkruste und im Körper von Pflanzen, Tieren und Menschen. Beide sind an das Leben unter rauen Bedingungen angepasst, aber Eubakterien bevorzugen ein feuchtes Klima, während Archaeabakterien heiße und trockene Standorte bevorzugen
