In einem typischen Zwiebelzellenlabor beobachten die Schüler die Struktur von Zwiebelzellen unter Verwendung eines Mikroskops. Die Schüler absolvieren das Labor normalerweise sowohl mit niedriger als auch mit starker Vergrößerung.
Zu Beginn des Labors bereitet jeder Schüler einen Objektträger vor, indem er eine dünne Scheibe der inneren Membran einer Zwiebel verwendet. Die Probe wird auf einen Objektträger gelegt und ein Tropfen Wasser oder Färbemittel wird hinzugefügt. Über die Zwiebelscheibe wird ein Deckglas gelegt, um ein Falten oder Knittern zu verhindern. Die Schüler untersuchen die Probe unter dem Mikroskop und machen dabei Beobachtungen der Zellgröße und -form, der Anzahl der sichtbaren Zellen und der nachweisbaren Zellstrukturen.