Jod wird häufig verwendet, um Zwiebelzellen vor der mikroskopischen Untersuchung zu färben, um die Sichtbarkeit der Zellen zu verbessern. Viele Zellen, auch die von Zwiebeln und anderem Gemüse, sind oft transparent. Wenn ungefärbte Zellen unter einem Mikroskop betrachtet werden, dringt das Licht direkt durch die verschiedenen Strukturen der Zellen und zeigt wenig bis gar keine Details. Im Gegensatz dazu absorbiert die Zelle bei der Verwendung von Jod oder anderen Farbstoffen den Farbstoff in ihre verschiedenen Organellen und Strukturen, wodurch das Licht blockiert wird und das Auge des Betrachters die Details der Zelle erkennen kann.
Jod ist nicht der einzige Farbstoff, der bei mikroskopischen Untersuchungen verwendet wird. Jod, Lebensmittelfarbe, Malachitgrün und Methylenblau sind gängige und leicht zugängliche Farbstoffe. Malachitgrün und Methylenblau sind beide in Fachgeschäften für Aquarien erhältlich, aber Jod und Lebensmittelfarbe sind in den meisten Drogerien und Lebensmittelgeschäften erhältlich.
Verschiedene Arten von Zellstrukturen funktionieren mit verschiedenen Farbstoffen besser. Aus diesem Grund können Wissenschaftler einen Farbstoff verwenden, der auf die jeweilige Organelle zugeschnitten ist. Darüber hinaus können Wissenschaftler mehrere Farbstoffe verwenden, die viele verschiedene Teile der Zellen einer Pflanze oder eines Tieres hervorheben. Wissenschaftler müssen immer vorsichtig sein, denn Farbstoffe färben nicht nur Zellen. Sie können auch die Hände und die Haut der Wissenschaftler verfärben.
