Eubakterien und Archaebakterien haben eine Vielzahl von Formen. Diese Zelltypen haben jedoch keine membrangebundenen Organellen, sie organisieren ihre DNA nicht in einem Kern und sie werden von Zellmembranen geschützt eingeschlossen durch Zellwände. Beide haben eine relativ einfache Struktur, daher sind die meisten ihrer Unterschiede chemischer und nicht strukturell. Im Allgemeinen haben Archaebakterien Gemeinsamkeiten mit Eukaryoten, die Eubakterien fehlen, aber sie haben auch einige wirklich einzigartige Eigenschaften.
Im Vergleich zu Archaebakterien sind Eubakterien extrem vielfältig und weit verbreitet, haben aber nur drei Hauptzellformen. Sie sind entweder kugelförmig, wie kurze Stäbchen geformt oder lang und verdreht. Diese Grundform ist ein großer Teil der Klassifizierung von Eubakterien. Archaebakterien hingegen werden nicht nach Form, sondern nach der Art des Extremophils klassifiziert. Archaebakterien leben in lebensfeindlichen Umgebungen, in denen weder Eubakterien noch Eukaryoten überleben können. Sie werden entweder als Methanproduzenten, Spezialisten für extreme Hitze oder Spezialisten für extremen Salzgehalt klassifiziert.
Ein Teil dessen, was Archaebakterien in solch extremen Umgebungen überleben lässt, sind ihre einzigartigen Zellmembranen. Während alle Eubakterien und Eukaryoten Phospholipid-Doppelschichten als Zellmembranen haben, haben Archaebakterien verzweigte Kohlenwasserstoffketten mit Etherbindungen zu Glycerin für ihre Membranen. Dieser einzigartige Membrantyp ist stabiler als andere Lebensformen und hält extremen Bedingungen stand.
