Der Hauptgrund dafür, dass Wissenschaftler und Studenten Zwiebelzellen färben, besteht darin, die verschiedenen Strukturen und Organellen leichter erkennen zu können. In der Praxis werden die meisten Zellen mit Färbemitteln oder Farbstoffen behandelt, um ihnen einen höheren Kontrast zu verleihen und Verbesserung der Fähigkeit des Forschers, die wichtigsten Merkmale zu visualisieren. Mehrere verschiedene Färbemittel und Farbstoffe werden häufig verwendet, darunter Eosin, Jod und Safranin.
Zwiebeln und ihre Zellen sind im Wesentlichen farblos. Wenn sie mikroskopisch ohne Farbstoffe oder Flecken betrachtet werden, ist es schwierig, die Teile der Zellen sichtbar zu machen. Beim Anfärben werden jedoch viele verschiedene Strukturen der Zelle sichtbar. Verschiedene Arten von Färbungen werden verwendet, um zu helfen, verschiedene Teile der Zelle zu definieren. Beispielsweise eignet sich Kugelschreibertinte gut zum Anfärben des Zellkerns der Zwiebelzellen. Osmiumtetroxid ist ein schwarzer Farbstoff, der verwendet wird, um den Kontrast von Lipiden zu erhöhen. Kristallviolett ist ein Farbstoff, der in Verbindung mit einer chemischen Beize verwendet wird, um die Zellwände von Pflanzenzellen zu färben.
Viele Flecken und Farbstoffe sind schädlich, daher dürfen sie nur auf nicht lebenden Zellen verwendet werden. Eine Ausnahme hiervon ist Toluylenrot, das auf lebende Zellen angewendet werden kann. Bismarkbraun ist ein weiterer Farbstoff, der auf lebende Zellen angewendet werden kann.
