Der Hauptunterschied zwischen Zilien und Geißeln besteht darin, wie sie organisiert sind. Zilien und Geißeln sind beides flexible Erweiterungen, die die Zellbewegung unterstützen.
Zilien und Geißeln sind strukturell ähnliche Zellorganellen oder Erweiterungen, die die Zellbewegung unterstützen. Zellen haben typischerweise ein oder zwei längere Flagellen und viele kürzere Zilien. Die Schlagbewegung von Flimmerhärchen unterscheidet sich von der von Geißeln, da sich Geißeln wellenförmig bewegen und Flimmerhärchen sich auf kompliziertere Weise bewegen.
Ein einzelnes Flagellum kann eine Zelle peitschenartig bewegen, oder zwei Flagellen können sich gleichzeitig bewegen. Zilien bedecken jedoch den größten Teil des Zellkörpers und schlagen koordiniert.
