Protisten bewegen sich mit Zilien, Flagellen und Pseudopodien. Die Fortbewegungsmethode variiert je nach Art der Protistenart und ihrem Wohnort.
Die Bewegung einiger Protisten wird durch Zilien ermöglicht, bei denen es sich um winzige haarähnliche Vorsprünge handelt, die sich von ihrer Oberfläche oder innerhalb von Zellen erstrecken. Cilien ermöglichen es Protisten, sich in rhythmischen Mustern zu bewegen, während sie durch das Wasser schwimmen. Andere Protisten bewegen sich mit Flagellen, die lange und fadenförmige Anhängsel sind, die wie lange Peitschen aussehen und den Organismen helfen, sich stetig durch Strömungen und Wellen zu bewegen. Pseudopodia ist die dritte Art der Fortbewegung von Protisten. Diese Bewegung beinhaltet eine vorübergehende Projektion von Zytoplasma durch bestimmte Zellen wie Fresszellen.