Der Hauptunterschied zwischen aktivem und passivem Transport besteht darin, dass der passive Transport keine externe Energiezufuhr erfordert, während der aktive Transport dies tut. Beide Prozesse bewegen Moleküle durch die Zellmembran, aber der passive Transport dauert immer Vorteil bestehender Konzentrationsgradienten, um eine natürliche Diffusion von Molekülen zu ermöglichen.
Im Gegensatz zu passiven Transportmechanismen kann der aktive Transport einem Konzentrationsgradienten entgegenwirken, um notwendige Moleküle so zu verteilen, dass das chemische Gleichgewicht der Zelle aufrechterhalten wird. Der passive Transport kann so einfach wie eine Diffusion durch die Doppelschicht der Zellmembran sein, oder er kann in Form einer druckerleichterten Osmose erfolgen. Manchmal, wie es bei der Kalziumpumpe der Zelle der Fall ist, können spezielle Transportproteine die Absorption und Sekretion erleichtern, ohne dass direkt Energie aus Adenosintriphosphat- oder ATP-Molekülen zugeführt wird.
Aktiver Transport erfordert Energie, um Arbeit zu verrichten. Der Prozess dient dem Transport von Molekülen gegen einen Konzentrations- oder Druckgradienten und verbraucht ATP. Der aktive Transport ist für den Austausch von Glukose in den Zellen des Dünndarms und für die Aufrechterhaltung des Ionengleichgewichts in den Gehirnzellen verantwortlich, wodurch diese elektrische Impulse effizient weiterleiten können. Die Natriumpumpe ist ein weiteres Beispiel für den primären aktiven Transport.