Kapuzineraffen sind Allesfresser, die Früchte, Nüsse, Samen, Knospen, Insekten, Spinnen, Vogeleier und kleine Wirbeltiere fressen. Kapuzineraffen, die in der Nähe von Wasser leben, fressen auch Krabben und Schalentiere, indem sie ihre Schalen knacken mit Steinen öffnen.
Kapuzineraffen müssen eine abwechslungsreiche und gesunde Ernährung mit vielen kleinen Früchten wie Weintrauben und Rosinen sowie Apfel-, Birnen-, Mango-, Wassermelonen-, Melonen- und Kiwi-Stücken haben. Außerdem essen sie Gemüse wie Kohl, Grünkohl, Spinat, gekochte Karotten und Süßkartoffeln. Blätter sind ebenfalls wichtig und umfassen Eugenia, Hibiskus, Maulbeere und Ahorn.
In Gefangenschaft gehaltene Kapuzineraffen sollten menschliche Babynahrung erhalten. Sojafreie Milch ist notwendig, da das Soja zu Aggressionen führen kann, wenn der Affe erwachsen wird. Eine Alternative ist Ziegenmilch. Da der Affe von der Flasche entwöhnt ist, sollten Pfleger seine Ernährung für den Rest seines Lebens mit Affenkeksen ergänzen.
Zu den Leckereien, die Kapuzineraffen essen können, gehören Mikrowellengemüse, Mehlwürmer, Grillen, eingeweichte Rosinen, gekochte Eier, Nudeln und gut gehackter Salat. Mit Eisen angereicherte Lebensmittel, einschließlich angereichertes Getreide, sollten vermieden werden.
Die Nahrungsmenge, die ein Kapuzineraffen essen sollte, hängt von seinem Gewicht und seiner Stoffwechselrate ab. Unabhängig von der Futtermenge bei jeder Mahlzeit ist es wichtig, das Futter auf zwei Fütterungen pro Tag aufzuteilen.