Wie andere Spielzeughunderassen neigen maltesische Hunde zu Hypoglykämie oder niedrigem Blutdruck, daher sollten sie den ganzen Tag über mit kleinen Mengen eines hochwertigen Hundefutters ohne Zusatz- und Füllstoffe gefüttert werden. Im Idealfall sollten 40 bis 50 Prozent der täglichen Kalorien eines Maltesers aus Fleisch stammen.
Maltesische Hunde sollten niemals mit Tischabfällen oder Knochen gefüttert werden. Speisereste können ihr empfindliches Verdauungssystem stören, während gekochte Knochen splittern und ihren Darm oder Magen verletzen können. Da maltesische Hunde einen empfindlichen Appetit haben, ziehen es einige Besitzer vor, Mahlzeiten zu Hause zu kochen, um ein ausgewogenes Verhältnis von Fleisch, Gemüse und Stärke zu erreichen. Vorzugsweise sollten 25 bis 35 Prozent der täglichen Kalorien eines Maltesers aus gedünstetem oder rohem Gemüse stammen. Die restlichen 25 bis 35 Prozent können aus weißem oder braunem Reis oder Nudeln bestehen.
Beim Kauf von Hundefutter werden Marken empfohlen, die für moderate Mengen an tierischem Fett und große Mengen an Protein werben. Nassfutter sollte einen hohen Feuchtigkeitsgehalt aufweisen. Die meisten Trockenfutter enthalten Getreide als Füllstoffe, was nicht zu empfehlen ist, da Fleischfresser wie Hunde kein Getreide benötigen. Ideal sind Marken, die keine tierischen Nebenprodukte verwenden. Hunde sollten nichts mit Soja gefüttert werden; Es hat sich gezeigt, dass es ihr endokrines System negativ beeinflusst.