Muscheln sind Filtrierer, die mikroskopisch kleine Wasserlebewesen wie Plankton aus dem Wasser um sie herum filtern. Die Larven einiger Muschelarten sind vorübergehend parasitär.
Muscheln sind Muscheln, die wie Muscheln und Austern sowohl in Salz- als auch in Süßwasserhabitaten leben. Eine Muschel ernährt sich, indem sie Wasser durch den Körper filtert. Wasser tritt durch das instromige Siphonorgan ein und bewegt sich durch die Bewegung der Flimmerhärchen durch den Körper. Das Abwasser verlässt den Körper der Muschel durch den Exstromsiphon. Die Nahrung wird aus dem Wasser gefiltert und von den Schamlippen bis zum Maul der Muschel geleitet. Die Nahrung einer Muschel besteht typischerweise aus Phytoplankton, Zooplankton und Algen.
Die Larven bestimmter Süßwassermuscheln verbringen einen Teil ihres Lebens als eine Art Parasit und leben auf den Kiemen eines Wirtsfisches. Dies schadet einem Fisch normalerweise nicht, es sei denn, die Larvenlast ist extrem hoch.
Muscheln sind wichtige Indikatoren für die Gesundheit einer Wasserstraße. Muscheln halten die Wasserwege auch von überschüssigem Plankton und Algen frei und können sogar einige schädliche Bakterien herausfiltern.
Zebramuscheln sind eine in Osteuropa heimische Muschelart, die in viele nordamerikanische Wasserstraßen invasiv ist. Zebramuscheln sind wie andere Muscheln Filtrierer. Sie bewohnen Wasserstraßen in einer so großen Zahl, dass ihre Populationen in der Lage sind, den gesamten Inhalt einiger Seen und Teiche an einem einzigen Tag zu filtern und einheimische Wasserarten ihrer Nahrung zu berauben.