Sokrates' Feinde beschuldigten ihn der Gottlosigkeit, weil sie ihn als eine politische Schuld ansahen; seine Philosophie widersprach den Grundlagen der athenischen Demokratie, und zwei seiner Schüler waren die Hauptanstifter von Aufständen gegen die Demokratie in den Jahren 411 und 404 v öffentliche Verlegenheit. Sokrates vertrat auch religiöse Ansichten, die für die Zeit unorthodox waren.
Ein Teil der Anklage gegen Sokrates war sein angeblicher Unglaube an die Götter Athens. Im Gegensatz zu dem, was viele seiner Kritiker behaupteten, war Sokrates kein Atheist. Aber er glaubte nicht an die traditionelle Ansicht des griechischen Pantheons. Sokrates glaubte, dass es einen einzigen Gott gab, und er glaubte nicht an einen fehlerhaften, vorwurfsvollen Gott, wie er in der griechischen Mythologie dargestellt wird.
Trotz der Behauptungen der Gottlosigkeit war die Anklageschrift von Sokrates politisch motiviert. Sokrates glaubte nicht an die Demokratie. Er glaubte, dass die Weisen regieren sollten, und er glaubte nicht, dass die Menschen insgesamt über genügend Tugend oder Weisheit verfügten.
Sokrates war der Meinung, dass es die Demokratie war, die während des Peloponnesischen Krieges zum Untergang Athens führte. Er betrachtete Sparta als eine vorbildlichere Regierungsform. Zwei von Sokrates' Schülern, Alibiades und Kritias, führten Aufstände gegen die athenische Demokratie. Die demokratischen Führer Athens sahen in Sokrates eine Ursache für politische Unruhen.