Francesco Pizarro heiratete Ines Huaylas Yupanqui und hatte ein Kind namens Francesca Pizarro Yupanqui. Sein Geburtsdatum ist ungewiss, aber vermutlich zwischen 1471 und 1476. Francesco Pizarro starb 1548 .
Francesco Pizarro war ein uneheliches Kind. Sein Vater war ein spanischer Soldat und seine Mutter eine Dienerin. Er stieg zu einem der größten spanischen Konquistadoren auf und wurde Marquis de la Conquista. Am 9. April 1548 wurde er im Kampf gegen die spanischen Truppen unter Führung des Vizekönigs Pedro de la Gasca geschlagen. Er wurde gefangen genommen und hingerichtet.