Pinguine sind gefährdet durch groß angelegte Fischereibetriebe, die ihre Nahrungsversorgung verringern, Wilderer, die ihre Eier stehlen und Erwachsene für ihr Öl töten, und Ölverschmutzungen, die ihre Umwelt verschmutzen und Tausende von Pinguinen gleichzeitig töten. Pinguinpopulationen sind auch durch den Klimawandel bedroht, da das Meereis schmilzt und ihre Nahrungsgebiete und Brutstätten entfernt.
Der Klimawandel ist die größte Bedrohung für das Überleben der Pinguine und am schwersten zu bekämpfen; Pinguine sind nach dem Endangered Species Act von 1973 vor Schäden geschützt und werden von Umweltgruppen bei Ölverschmutzungen gerettet, aber ihr schwindender Lebensraum und die schwindenden Nahrungsvorräte machen es ihnen schwer, sich zu vermehren oder zu gedeihen. Auch Pinguine außerhalb der Antarktis sind vom Klimawandel bedroht. Der afrikanische Pinguin isst Sardinen und Sardellen, die den Strömungen kleiner Inseln folgen, aber der Klimawandel führt dazu, dass sich die Bäche weiter von den Häusern der Pinguine und aus ihrem Territorium entfernen.
Pinguine werden auch durch kommerzielle Fischereiexpeditionen bedroht. Während einige Fischer an Naturschutzbemühungen teilnehmen und verletzte Tiere wieder zum Leben erwecken, müssen Pinguine immer noch mit Menschen um Nahrung konkurrieren. Pinguine werden auch von ihren natürlichen Feinden bedroht: Haie, Schwertwale, Seelöwen und Seeleoparden.
