Sauerer Regen verunreinigt Wasser und Boden und tötet Mikroben, Insekten, Fische und andere Wassertiere und -vegetation. Es korrodiert Stein und Metall und beschädigt den Autolack. Obwohl der Kontakt mit saurem Regen für den Menschen nicht direkt schädlich ist, kann er indirekt gesundheitliche Probleme verursachen.
Alkalischer Boden reduziert die Auswirkungen von saurem Regen. Fällt es auf andere Bodenarten, macht es den Boden sauer und tötet im Boden lebende Mikroben und Insekten ab. Saurer Regen und Schnee in Seen und Flüssen können den pH-Wert des Wassers senken, sodass es zu sauer wird, um das Leben im Wasser zu erhalten. Obwohl er die Vegetation nicht direkt abtötet, saugt saurer Regen Nährstoffe aus dem Boden und hinterlässt Elemente wie Aluminium, das den Boden giftig macht. Bodenverarmung führt zu verkümmertem Pflanzenwachstum und Pflanzen können schließlich sterben, weil dem Boden die Nährstoffe fehlen, die sie zum Wachsen und zur Bekämpfung von Krankheiten benötigen.
Bäume in großen Höhen sind besonders anfällig, da sie mehr Schnee und Regen erhalten und sie oft von sauren Wolken und Nebel umgeben sind. Saurer Regen beschleunigt außerdem die natürliche Verwitterung von Steinen, greift Metall an und ätzt Spuren in den Fahrzeuglack. Obwohl saurer Regen die Haut oder die Augen einer Person nicht verbrennen kann, kann er durch die Ablagerung von Sulfat- und Nitratpartikeln in Bodennähe Atem- und Herzprobleme verursachen. Dadurch entsteht Smog, der die Atemwege schwächt und reizt.