Das Great Barrier Reef ist aus vielen Gründen wichtig. Es schützt Küsten vor den schädlichen Auswirkungen tropischer Stürme und Wellen, hilft bei der Kohlenstoff- und Stickstoffbindung, hilft beim Nährstoffrecycling und bietet einen Lebensraum für laut Queensland Museum eine Vielzahl von Meeresorganismen.
Das Great Barrier Reef und ähnliche Korallenriffe beherbergen mehr Arten pro Flächeneinheit als jede andere Meeresumgebung. Diese Artenvielfalt ist entscheidend für die Entdeckung neuer Medikamente und Behandlungsmethoden für Krankheiten. Auch für den wirtschaftlichen Erfolg sind Korallenriffe wichtig. Der Korallenrifftourismus stärkt die lokale Wirtschaft durch Freizeitaktivitäten im Zusammenhang mit dem Riff sowie durch Restaurants und Unterkünfte für Touristen. Korallenriffe sind eine bedeutende Ressource für die US-Fischerei, wie von der National Oceanic and Atmospheric Administration gemeldet.
Korallenriffe verschlechtern sich aufgrund menschlicher Eingriffe. Boote und Freizeitkontakte verursachen physische Schäden an den Riffen. Der Abfluss von Sedimenten, Schadstoffen, Nährstoffen aus Landwirtschaft, Industrie, Abwasser und Rodung im Einzugsgebiet bedroht die Gesundheit der Korallenriffe. Schlechte Wasserqualität, erhöhte Wassertemperaturen und erhöhte Verschmutzung erhöhen die Wahrscheinlichkeit von Korallenkrankheiten, die für die weit verbreitete Sterblichkeit der Artenvielfalt in den letzten drei Jahrzehnten verantwortlich sind, berichtet die US-Umweltschutzbehörde.