Präsident Lincoln hat den Haftbefehl ausgesetzt, um die öffentliche Sicherheit zu schützen und das Rebellionspotenzial zu verringern. Es gab viele Menschen in Maryland, die mit der konföderierten Armee sympathisierten. Maryland war strategisch wichtig, da alle Überlandversorgungs- und Kommunikationslinien durch Baltimore verliefen.
Präsident Abraham Lincoln erteilte General Winfield Scott am 27. April 1861 seinen Befehl, um gefährdete Bahnstrecken zu schützen. Marylands Loyalität gegenüber der Bundesregierung war ungewiss, und der Präsident ordnete die Verhaftung mehrerer Mitglieder der gesetzgebenden Körperschaft von Maryland an, die Sympathien der Konföderierten hatten.
John Merryman aus Cockeysville, Maryland, wurde verhaftet, weil er Soldaten der Konföderierten rekrutiert und ausgebildet hatte. John Merrymans Anwalt beantragte beim Bundesgericht eine Habeas-Corpus-Verfügung, die vom Obersten Richter Roger Brooke Taney genehmigt wurde. Sein Befehl, vor Gericht zu erscheinen, wurde von den Militärs ignoriert, die John Merryman gefangen hielten. Oberster Richter Taney hielt die Suspendierung in seiner Stellungnahme für verfassungswidrig und behauptete, dass nur der Kongress befugt sei, die Habeas-Corpus-Aussetzung auszusetzen. Die Proklamation von Präsident Lincoln am 24. September 1862 weitete seine frühere Anordnung der Suspendierung auf jeden Staat des Landes aus und erlaubte die Verhaftung von jedem, der den Kriegsanstrengungen der Union kritisch gegenüberstand, einschließlich Zeitungsredakteuren. Neben dem Schutz strategisch sensibler Gebiete ermöglichte die Aussetzung der Klage der Regierung auch, Menschen vor einem Militärgericht zu verantworten.
