Während es schwierig sein kann, zwischen männlichen und weiblichen Bartagamen als Jungtiere zu unterscheiden, haben erwachsene Männchen eine Reihe von sichtbaren Löchern an der Unterseite ihrer Hinterbeine und Wölbungen um den Anus herum. Vorsicht ist geboten Wird beim Anheben des Schwanzes verwendet, um nach Wölbungen zu suchen, da ein zu weites Anheben die Gefahr besteht, dass die Wirbelsäule des Tieres gebrochen wird. Männliche Bartagamen sind in der Regel auch größer als weibliche, mit deutlich größeren Köpfen und Bärten.
Es gibt auch einen Unterschied beim Kopfwippen zwischen den beiden Geschlechtern, das bei Männern schneller ist als bei Frauen. Normalerweise löst ein männlicher Bartagamen ein schnelles Kopfwippen aus und ein Weibchen reagiert langsamer.
Wenn Sie nur einen Bartagamen halten, ist das Geschlecht für die Bedürfnisse und das Temperament des Tieres weitgehend irrelevant, obwohl Weibchen im Allgemeinen fügsamer sind als Männchen. Das Geschlecht wird wichtiger, wenn mehr als ein Bartagamen zusammengehalten werden. Zwei oder mehr männliche Bartagamen zum Beispiel sind anfällig für Aggressionen und Kämpfe. Während dies zwischen Weibchen selten ist, ist es nicht ungewöhnlich. Häufiger jedoch entsteht eine harmonische und hierarchische Beziehung zwischen zwei oder mehr Frauen. Wenn ein Männchen und ein Weibchen zusammen gehalten werden, produzieren sie Eier.