Der Missouri River beginnt in der Nähe von Three Forks, Montana, und fließt, bis er bei St. Louis, Missouri, in den Mississippi River mündet. Der Missouri River erstreckt sich über 2.341 Meilen.
Das Wasser des Missouri River stammt aus dem Zusammenfluss der Flüsse Jefferson, Madison und Gallatin. Der Fluss war sehr anfällig für Überschwemmungen, als das Gebiet erstmals von europäischen Siedlern besiedelt wurde. Diese Überschwemmungen waren ein wichtiger Bestandteil des Ökosystems in der Region. Heute wird der Fluss entlang seiner Hauptroute von 15 Dämmen aufgestaut, und die Dämme haben Überschwemmungen und den Flussverlauf verändert. Das als Missouri Valley bezeichnete Gebiet ist heute sehr bevölkerungsreich und wird nicht wie in der Vergangenheit überschwemmt, aber diese Maßnahmen haben sich auf die Wasserqualität ausgewirkt und einen hohen Tribut an Fische und Wildtiere gefordert.