Die wichtigsten Gewässer in Pennsylvania sind der Lake Erie, Delaware River, Conneaut Lake, Lake Wallenpaupack, Susquehanna River, Allegheny River, Monongahela River und Ohio River. Die Flüsse Beaver, Clarion und Youghiogheny sind wichtige Nebenflüsse des Allegheny-Monongahela-Ohio-Flusssystems.
Der Bundesstaat Pennsylvania hat rund 250 natürliche Seen. Die meisten davon sind in den nordöstlichen und nordwestlichen Regionen zu finden. Pennsylvania hat die Zuständigkeit für mehr als 21 Quadratmeilen des Pymatuning Reservoirs, das sich an der Grenze des Bundesstaates Ohio befindet. Fast 46 Prozent des Wassers aus den Appalachen wird vom Susquehanna River und seinen Nebenflüssen abgeleitet. Die östliche Grenze von Pennsylvania wird vom Delaware River gebildet, während sein westlicher Teil von den Flüssen Allegheny und Monongahela entwässert wird.