Zu den wichtigsten Gewässern in Missouri gehören der Missouri River, der Mississippi River, der Lake of the Ozarks, der Current River, der Chariton River und der Lake Taneycomo. Andere bemerkenswerte Gewässer sind der Pomme de Terre Lake und der Table Rock Lake.
Der Mississippi ist der längste Fluss der USA. Es bildet die Grenze von Missouri mit Illinois, Kentucky, Tennessee und einem Splitter von Iowa. Der Fluss erleichtert den Einwohnern von Missouri seit vielen Jahrzehnten den Transport und liefert Wasser und Wasserkraft.
Der Missouri River ist der zweitlängste Fluss der Vereinigten Staaten. Er durchquert den Staat in West-Ost-Richtung und mündet bei St. Louis in den Mississippi. Der Missouri, der wegen seines trüben Wassers den Spitznamen "Big Muddy" trägt, ist seit Hunderten von Jahren eine Durchgangsstraße für Entdecker und Pioniere. Zu den Zweigen des Missouri gehören der Cheyenne, der Osage, der Platte, der Milk und der White River. Es mündet durch den Mississippi in den Golf von Mexiko.
Lake of the Ozarks ist ein künstlicher See, der durch das Aufstauen des Osage River entstanden ist. Der Stausee beherbergt nicht nur den Bagnell Dam, der Wasserkraft liefert, sondern ist auch ein berühmtes Erholungsgebiet, das den Tourismus anzieht.
