Es gibt mehrere Möglichkeiten, die in einer Petrischale wachsenden Bakterienkolonien zu zählen, von der einfachen Handzählung bis hin zu komplexen Geräten zur elektronischen Messung des Koloniewachstums. Je nachdem, wie viele Petrischalen gezählt werden müssen und wie oft gemessen wird, profitieren unterschiedliche Nutzer von unterschiedlichen Zählmethoden.
Das Zählen von Hand ist für die meisten Laboreinstellungen geeignet, da die einzige erforderliche Ressource Zeit ist. Es ist sowohl wirtschaftlich als auch einfach; Jeder, der in der Petrischale beobachtete Flecken zählen und aufzeichnen kann, kann mit dieser Methode Kolonien zählen. Es gibt einige einfache Tools, darunter Marker und Zähler, die durch manuelle Klicks bedient werden und den Aufnahmeprozess unterstützen können. Der Nachteil des Zählens von Hand ist, dass es zeitaufwändig ist und anfällig für menschliche Fehler sein kann.
Es gibt Geräte, die speziell entwickelt wurden, um die Anzahl der Kolonien in einer Petrischale zu messen. Diese Maschinen bieten Benutzern eine Ausgabe, die Zählzahlen und Wachstum über einen bestimmten Zeitraum umfasst. Die Verwendung von Zählmaschinen ist in der Laborumgebung hilfreich, in der die Zeit besser mit anderen Aktivitäten als dem manuellen Zählen verbracht wird und wo Genauigkeit von äußerster Wichtigkeit ist. Die Nachteile der Verwendung von Zählmaschinen sind Kosten und möglicherweise eingeschränkte Funktionalität des Geräts, die über einfache Zählzwecke hinausgehen.