Eine weibliche Muscovy-Ente ist erheblich kleiner als ein Männchen und hat, wenn überhaupt, weniger Karunkel im Gesicht oder an der Schnabelbasis. Karunkeln sind die fleischigen, roten, warzigen Beulen, die hauptsächlich bei Männern zu finden sind.
Die Federn männlicher Muscovy-Enten sind im Allgemeinen heller, wobei die schwarzen Federn einen violetten oder grünen Farbton aufweisen. Weibliche Federn sind eintöniger in der Farbe. Während Moschusenten nicht wie andere Enten quaken, zischen Männchen, wenn sie bedroht werden, und Weibchen verbalisieren mit einem leisen Gluckern oder Churr (einem scharfen Surren oder Trillern). Männchen haben dickere Beine und größere Füße als Weibchen.
