Es gibt drei Möglichkeiten, zwischen männlichen und weiblichen Kanarienvögeln zu unterscheiden: Genitalinspektion, Farberscheinung und früher Gesang. Züchter Sebastian Vallelunga hält die Untersuchung eines geschlechtsreifen Kanarienvogels für eine praktisch narrensichere Methode, da das Männchen einen Pseudopenis hat, der aus seiner Öffnung herausragt, während ein Weibchen eine runde Kuppel hat, die über die Öffnung hinausragt. Zuchtbereite Weibchen haben einen gleichmäßigen, torpedoförmigen Bauch, der sich an einem Ende verengt.
Der offensichtlichste und zuverlässigste Hinweis auf das Geschlecht ist, ob der Kanarienvogel ein Ei legt oder nicht. Einige Züchter ziehen es vor, die Geschlechter frühzeitig zu trennen, um eine bessere Gesangsentwicklung der Männchen zu fördern, noch bevor die Küken flügge werden. Die Untersuchung des frühen Songs und die Analyse anhand der Farbe sind hilfreiche Werkzeuge.
Das frühe Lied des Kanarienvogels, bekannt als Unterlied, ist ein verträumter Triller, bei dem sich die Kehle des Männchens aufbläht, was das spätere Verhalten der Erwachsenen widerspiegelt. Während der nächsten Gesangslernphase, dem plastischen Gesang, beginnt das Männchen, erwachsene Passagen und Phrasen in seinen Gesang zu integrieren, was ihn zu einem zuverlässigeren Indikator für das Geschlecht macht.
Die Farberscheinung ist eine weniger konsistente Methode mit Variationen zwischen den Arten, die besser auf Kanarienvögel zutreffen, die eng verwandt sind oder derselben Sorte angehören. Im Allgemeinen glaubt Vallelunga, dass der hellere Kanarienvogel weiblich ist.