Der Hauptunterschied zwischen Prionen und Viren besteht darin, dass Prionen zwar beide Krankheiten verursachen, aber kein eigenes genetisches Material besitzen. Laut Merck unterscheiden sich Prionen auch dadurch von Viren, dass durch Prionen verursachte Erkrankungen immer tödlich. Die meisten Viruserkrankungen können überlebt werden. Prionen neigen dazu, das Nervensystem häufiger zu treffen als jeden anderen Teil des Körpers.
Viren vermehren sich, indem sie genetisches Material in lebende Zellen injizieren, die dann übernommen und zur Herstellung weiterer Viren verwendet werden. Prionen besitzen im Gegensatz zu allen lebenden Krankheitserregern keine Gene. Wie von Merck beschrieben, entstehen bestimmte Prionen, die für die Creutzfeldt-Jakob-Krankheit und tödliche Schlaflosigkeit verantwortlich sind, durch die abnormale Faltung von ansonsten normalen Proteinen, die in jeder Körperzelle vorkommen. Diese abnormen Proteine sind chemisch identisch mit ihrer nicht-pathogenen Form, aber ihre abnorme Struktur verändert ihre Funktion in der Zelle. Dies führt häufig zur Bildung von Blasen in Gehirnzellen und zum allmählichen Absterben von Nervengewebe im Zentralnervensystem. Dieser Prozess ist immer tödlich und kann nicht geheilt werden. Im Gegensatz zu Viren müssen Prionen nicht von einer infizierten Quelle kontrahiert werden, obwohl dies manchmal der Fall ist, und können sich manchmal aus Gründen, die kaum bekannt sind, spontan im menschlichen Körper bilden.
