Protisten sind einzellige Organismen, die Krankheiten verbreiten, entweder durch direkte Infektion oder durch Giftstoffe, die in die Nahrungs- und Wasserversorgung ausgeschieden werden.Protisteninfektionen verursachen Erkrankungen des Magen-Darm-Trakts und des Nervensystems sowie Haut- und Lungenerkrankungen .
Amöben sind Protisten, die eine Reihe von menschlichen Krankheiten verursachen. Sie sind verantwortlich für die Amöbenruhr, die schwere Durchfälle verursacht, und für eine tödliche Form der Enzephalitis. Amöben können auch Augen- und Hautläsionen bilden, die zu weiteren Infektionen oder Erblindung führen.
Dinoflagellaten sind Protisten, die Red Tide, eine Form der Wasserverschmutzung, verursachen. Sie entziehen dem Ozeanwasser Sauerstoff und schaffen tote Zonen, die das Tierleben nicht aufrechterhalten können. Dinoflagellaten setzen auch ein Toxin frei, das Fische tötet. Die überlebenden Fische reichern das Toxin in ihrem Fleisch an und verursachen beim Menschen, der sie konsumiert, Übelkeit, Erbrechen und neurologische Symptome. Die Toxizität von Dinoflagellaten beim Menschen wird als Ciguatera- oder Schalentiervergiftung bezeichnet.
Protisten verursachen auch die Afrikanische Schlafkrankheit und die Chagas-Krankheit, zwei verwandte Krankheiten, die auf verschiedenen Kontinenten vorkommen. Diese Protisten stammen beide aus der Gattung Trypanosoma und werden durch Insektenstiche auf den Menschen übertragen. Die Afrikanische Schlafkrankheit ist in den westlichen und zentralen Teilen Afrikas endemisch, während die Chagas-Krankheit in Mittel- und Südamerika auftritt.