Wissenschaftler sind sich der genauen Körperbewegungen bei der Kopulation von Stegosaurus nicht sicher, da keine modernen Beispiele verfügbar sind; Sie haben jedoch mehrere Theorien, die auf den lebenden Nachkommen der Dinosaurier basieren. Natürlich bestieg das Männchen nicht das Weibchen wie die meisten Tierarten. Stattdessen ist es möglich, dass sie Bauch an Bauch liegen oder das Weibchen sich hinlegt, während das Männchen neben ihr steht. Wissenschaftler vermuten sogar, dass sie möglicherweise Rücken an Rücken gestanden haben.
Es ist eine bekannte Tatsache, dass Dinosaurier, einschließlich Stegosaurus, Eier legten. Biologisch gesehen war die für die Fortpflanzung erforderliche Zeit minimal, obwohl sie im Gegensatz zu Fischen eine tatsächliche körperliche Intimität haben mussten. Stattdessen ist es wie bei modernen Vögeln möglich, dass eine kleine Menge Sperma, die in das Weibchen eingebracht wird, mehrere Wochen lang Eier befruchten kann.
Da zu diesem Zeitpunkt keine konservierten Weichteile oder Abdrücke von Weichteilen von Dinosauriern gefunden wurden, ist es unmöglich zu wissen, wie sich diese sehr knöchernen, stacheligen Kreaturen reproduziert haben. Wie moderne Stachelschweine und Igel ist jedoch klar, dass sie sich über Tausende von Jahren fortpflanzten. Die Natur findet immer einen Weg, und es ist möglich, dass die Geschlechtsorgane sowohl bei Männern als auch bei Frauen speziell geformt wurden, damit der Prozess ohne allzu große Schwierigkeiten ablaufen kann.