Verschiedene Arten von Geckos können anhand ihrer Größe, Färbung, Muster und Markierungen und ihres natürlichen Lebensraums identifiziert werden. Andere Formen der Identifizierung sind, ob der Gecko seine Farbe ändern kann, sein Temperament und ob seine Zehen Klebepads haben.
Andere Möglichkeiten, einen Gecko zu identifizieren, umfassen, ob er tagsüber aktiver oder nachts aktiver ist, obwohl die meisten Geckos nachtaktiv sind. Viele Arten von Geckos können sich parthenogenetisch vermehren, und eine andere Möglichkeit, zwischen Geckos-Arten zu unterscheiden, ist die Zeit, die ihre Eier zum Schlüpfen benötigen. Das Schlüpfen kann zwischen einem und drei Monaten dauern. Herpetologen untersuchen auch oft die Poren in der Haut eines Geckos, um festzustellen, um welchen Typ es sich handelt. Die meisten Arten von Geckos können ihre Schwänze abwerfen, wenn sie gezogen werden, aber bestimmte Rassen können ihre Schwänze nach Belieben abwerfen, wenn sie angegriffen werden.
Einige Arten von Geckos haben deutlichere Unterscheidungsmerkmale: Der fliegende Gecko hat Hautlappen zwischen Hals und Beinen, die ihm helfen, von Baum zu Baum zu gleiten, ähnlich wie Flughörnchen, und der Krokodil-Gecko ähnelt einem winzigen Krokodil, weil seine Haut und sein Schwanz voller Stacheln sind.