Alligatoren atmen, indem sie Luft in ihre Lungen einatmen. Sie haben keine Kiemen und können nicht unter Wasser atmen, obwohl sie für Intervalle von bis zu zwei Stunden unter Wasser bleiben können, und es wird angenommen, dass sie ihre atmen Sie bei Bedarf noch länger.
Alligatorlungen haben einen unidirektionalen Luftstrom, was bedeutet, dass die Luft, die sich durch die Lunge bewegt, größtenteils Frischluft ist und einen hohen Sauerstoffgehalt hat. Vogellungen haben auch einen unidirektionalen Luftstrom. Die Lunge von Säugetieren hat einen bidirektionalen Luftstrom, dh die Luft bewegt sich in der Lunge hin und her. Aus diesem Grund wird Luft, die in die Lunge eines Säugetiers gelangt, mit Luft vermischt, die sich seit einiger Zeit in der Lunge befindet. Diese Mischluft enthält weniger Sauerstoff. In der Alligatorlunge steht mehr Sauerstoff zur Verfügung, um ins Blut zu diffundieren.
Alligatoren leben hauptsächlich im Süßwasser. Sie neigen dazu, zwischen 10 und 15 Minuten unter Wasser zu tauchen. Wenn ein Alligator unter Wasser geht, werden seine Nasenlöcher, Ohren und Kehle automatisch durch eine Klappe verschlossen. Diese Klappen verhindern, dass Wasser in die Lunge oder den Magen gelangt. Alligatoren verlangsamen ihre Herzfrequenz und schließen bestimmte Blutlinien in ihrem Körper, sodass mehr Blut zu den lebenswichtigen Organen gelangt. Das Blut transportiert Sauerstoff zu diesen Organen, wodurch die Atmung des Alligators verzögert wird.