Chromosomen wurden erstmals 1842 vom Schweizer Botaniker Karl Wilhelm von Nägeli entdeckt. Der Name "Chromosomen", was "farbige Körper" bedeutet, wurde 1888 von Edouard van Beneden geprägt.
Während von Nägeli als erster die fadenförmigen Körper im Zellkern identifizierte, nahm er fälschlicherweise an, dass sie im gesamten Organismus ein vernetztes Netzwerk bilden. Von deren Rolle bei der Vererbung konnte er sich keine Vorstellung gemacht haben, da der Mechanismus der Zellteilung damals noch nicht verstanden war. Von Nägeli wurde in der Wissenschaftsgeschichte berüchtigt als der Mann, der Gregor Mendel davon abhielt, seine bahnbrechenden Arbeiten zur Vererbung fortzusetzen.
