Gelegentlich stellen Waschbären und Virginia-Uhus eine Bedrohung für Weißkopfseeadler im Nest dar. Aufgrund ihrer Größe und ihrer starken Raubtierfähigkeit sind Weißkopfseeadler jedoch keine regelmäßige Beute für irgendeine Art.
Obwohl sie in freier Wildbahn selten gejagt werden, wurden Weißkopfseeadler in der Vergangenheit durch menschliche Aktivitäten bedroht. Adler stehen zum Beispiel an der Spitze ihrer Nahrungskette und sind daher sehr anfällig für giftige Chemikalien in der Umwelt. jeder Schritt in der Nahrungskette neigt dazu, Giftstoffe in Beutearten zu konzentrieren. Dichlordiphenyltrichlorethan, ein giftiges Pestizid, das ab den 1940er Jahren in den USA häufig eingesetzt wurde, trieb den Weißkopfseeadler fast zum Aussterben. 1963 wurde die Weißkopfseeadlerpopulation auf 487 Brutpaare reduziert. Zum Glück wurde DDT jedoch 1972 in den Vereinigten Staaten verboten, und 2007 gab es in den angrenzenden Vereinigten Staaten schätzungsweise 9.789 Nistpaare.
