Außerhalb des Menschen haben Weißkopfseeadler nur sehr wenige natürliche Feinde und erwachsene Adler haben keine natürlichen Feinde. Nestlinge und Eier werden gelegentlich von Möwen, Krähen, Falken, Eulen, anderen Adlern, Rotluchse, Schwarzbären und Waschbären.
Da sich Adlernester häufig hoch in Bäumen befinden und sehr groß sind, haben Fleischfresser, die schlechte Kletterer sind, selten Zugang zu den Eiern und Jungen, und Weißkopfseeadler sind in den meisten Fällen aufmerksam genug, um ihre Jungen vor Schaden zu schützen. Ein schlechter Zugang zu Nahrung kann die Jungen jedoch verwundbar machen, da die Eltern länger und weiter vom Nest entfernt jagen müssen, um für ihren Nachwuchs zu sorgen.
