Ausgewachsene Wüstenschildkröten werden aufgrund ihrer harten Schalen und dicken Haut nur von Berglöwen gejagt. Junge Wüstenschildkröten sind viel anfälliger und werden auch von Kitfüchsen, Kojoten, wilden Hunden, Graufüchsen, Rotluchsen, Dachsen, Raben, Straßenläufern und Gila-Monstern gefressen.
Weibliche Wüstenschildkröten bewachen ihre verletzlichen Eier eine Zeit lang, aber sobald sie schlüpfen, müssen sich junge Schildkröten auf ihre kryptische Färbung verlassen, um zu überleben. Wüstenschildkröten verstecken sich in Höhlen, wenn sie weder Nahrung noch Partner suchen, und sie sind geschickte Bagger. Als letztes Mittel urinieren Wüstenschildkröten jeden Alters, um sich für potenzielle Raubtiere weniger schmackhaft zu machen.
