Mikroskope sind einfach zu bedienende, oft kostengünstige Werkzeuge, die in fast allen Gesundheitseinrichtungen der Welt zur Verfügung stehen, sodass sie selbst in Ländern der Dritten Welt leicht zu bekommen sind, aber nicht jeder verfügt über die erforderlichen Fähigkeiten, um sie zu verwenden, also Fehldiagnose ist ein Nachteil. Mikroskope können verwendet werden, um eine Reihe verschiedener Zustände und Krankheiten zu diagnostizieren.
Es gibt verschiedene Arten von Mikroskopen für den Einsatz in vielen wissenschaftlichen Bereichen. Elektronen-, Licht- und Seziermikroskope sind nur einige von vielen, und ein Nachteil bei so vielen Typen zur Auswahl ist, dass eine Person oder Organisation möglicherweise das falsche für ihre Bedürfnisse verwendet. Einige Mikroskope bieten höhere Auflösungen als andere und andere, wie beispielsweise stereoskopische Mikroskope, ermöglichen es dem Benutzer, dickere Objekte zu betrachten als viele andere.
Mikroskope haben die Tür zu so vielen neuen Entdeckungen und Behandlungen geöffnet, dass die Vorteile die Nachteile bei weitem überwiegen.