Gewässer, die von saurem Regen betroffen sind, sind die Bäche und Seen rund um die Adirondacks und Catskill Mountains, das Hochland der mittleren Appalachen und der obere Mittlere Westen. Eine von der Environmental Protection Agency durchgeführte Umfrage zeigt, dass über 75 Prozent aller 1.000 Süßwasserkörper, die größer als 10 Hektar sind, versauert sind.
Die Situation ist in Gebieten mit geringer Pufferkapazität des Bodens besonders schlimm, da dies zu einer Ansammlung von Bodensäure führt, wenn der saure Regen kontinuierlich fällt. Little Echo Pond in Franklin, N.Y., ist ein Paradebeispiel mit einem pH-Wert von 4,2. Bäche, die durch Regionen mit geringer Bodenpufferkapazität fließen, saugen die Bodensäure auf und gewinnen an Eigensäure. Andere Quellen von Bachsäure sind saurer Abfluss von Überschwemmungen und Schneeschmelze.
Sauerer Regen verursacht auch ökologische Probleme, einschließlich der Verringerung des Fischbestands aufgrund der Ausrottung von Rogen und Jungfischen. Saurer Regen hemmt das Baumwachstum und stört das ökologische Gleichgewicht der Waldbiome. Die Freisetzungsrate von Metallionen wie Aluminium in das Ökosystem wird in einer sauren Umgebung beschleunigt. Diese Metallionen sind giftig und können Fischen und Wassertieren großen Schaden zufügen. Die Zerstörung von Pflanzen- und Tierleben durch sauren Regen führt zu einem Kaskadeneffekt, bei dem die beeinträchtigte Biodiversität des Ökosystems eigene Komplikationen verursacht.
