Einige der im Indischen Ozean vorkommenden Pflanzen sind Mangrovenarten in Madagaskars Mangrovenwäldern, Indiens Küsten-Seegras und Westaustraliens Makroalgen. Der Indische Ozean umfasst eine Vielzahl von biologisch vielfältigen ökologischen Regionen, einschließlich der Ostküste Afrikas, Westaustraliens und der Südküste Asiens.
Madagaskar, eine große Insel in der Nähe von Südostafrika, ist vollständig vom Indischen Ozean umgeben und beherbergt eine Küstenvegetation, die zu den vielfältigsten der Welt gehört. Seine Mangrovenbäume wachsen entlang der Gezeitenregionen des Landes und können an Wurzeln identifiziert werden, die sich in den Gezeitengewässern in den nördlichsten Breitengraden des Äquators verflechten.
Indische Mangroven sind im gesamten Sundarbans-Wald in der Nähe der Südwestküste des Landes und rund um den Golf von Bengalen reichlich vorhanden. Der Sand, der sich um die Flussmündungen an der Bucht ansammelt, kann sich während Monsunstürmen zu Dünen bilden, um Seegraswiesen zu kultivieren, die zusätzlich in Lagunenwiesen im Golf von Mannar und den Lakshadweep-Inseln wachsen.
Der Bundesstaat Western Australia beherbergt auch Seegraspopulationen in Küstengewässern, die sich bis in den Indischen Ozean erstrecken. Neben Seegras besteht seine Wasserflora aus verschiedenen Algenarten, wie der roten Subtidalalge, der grünen Meeresalge und der Braunalge, die alle in australischen Ökosystemen beheimatet sind.