Flagellen werden von Zellen und einzelligen Organismen für Bewegung, Empfindung und Signalübertragung verwendet. Sie können als lange schlanke Fortsätze der Zelle oder des Organismus beschrieben werden. Die singuläre Form von Flagellen ist Flagellum.
Je nach Organismus besteht ein Flagellum aus unterschiedlichen Strukturen. Bei Bakterien bestehen Flagellen aus dem Protein Flagellin. Bei Eukaryoten bestehen Flagellen aus Mikrotubuli, die von einer Plasmamembran umgeben sind. Dies ist die Struktur von Flagellen in Pflanzen, Protisten und Tieren. Prokaryoten und Eukaryoten verwenden unterschiedliche Energiequellen, um die Geißeln anzutreiben. Bewegte eukaryotische Geißeln benötigen Adenosintriphosphat (ATP). Prokaryoten nutzen Energie aus der protonenmotorischen Kraft, dem Ionengradienten, der über die Zellmembranen verläuft.