Zwei Aminosäuren in einem Protein sind durch eine Peptidbindung oder Amidbindung miteinander verbunden. Die Aminosäuren werden durch die Alpha-Carboxylgruppe der einen mit der Alpha-Aminogruppe der anderen verbunden . Proteine bestehen aus einer Reihe von Peptidbindungen, die miteinander verbunden sind, um lineare Polypeptidketten zu bilden.
Wenn zwei Aminosäuren zu einer Peptidbindung verbunden sind, führt die Reaktion zum Verlust eines Wassermoleküls. Eine Polypeptidkette ist polar, weil sie unterschiedliche Enden hat, mit einer Alpha-Carboxylgruppe an einem Ende und einer Alpha-Aminogruppe am anderen. Proteine bestehen aus einer Polypeptidkette von 50 bis 2.000 Aminosäuren, die durch Peptidbindungen verbunden sind.