Die Hauptwirkung der Annullierungskrise bestand darin, die Vormachtstellung der Bundesregierung über die Landesregierungen zu begründen. Es wurde schließlich auch zu einem Faktor, der dazu führte, dass die Südstaaten die Union selbst auflösten, was ihre Sezession und die Gründung der Konföderation bewirkte.
Thomas Jefferson und James Madison vertraten erstmals Ende des 18. Jahrhunderts die Doktrin der Annullierung. Jefferson schlug vor, dass die Bundesstaaten das Recht hätten, festzustellen, ob die Bundesregierung ihre Grenzen überschritten habe, und sie könnten alle Gesetze, die sie für unangemessen hielten, innerhalb ihrer eigenen Gerichtsbarkeit negieren. Während er gegen den Zolltarif von 1828 protestierte, argumentierte der aus South Carolina stammende Vizepräsident John C. Calhoun, dass die Staaten ein Vetorecht bei der Durchsetzung von Bundesgesetzen hätten. Als ein Kompromisstarif von 1832 die Situation nur geringfügig änderte, berief der Gesetzgeber von South Carolina eine staatliche Konvention ein und verabschiedete die Ordinance of Annullification, die beide Zölle für den Staat South Carolina für null und nichtig erklärte.
Präsident Andrew Jackson reagierte aggressiv. Der Kongress verabschiedete das Force Bill, das es ihm erlaubte, das Militär zu entsenden, um die Zölle zu erheben. Sie verabschiedeten auch ein Kompromisstarifgesetz, das die gesetzgebende Körperschaft von South Carolina besänftigte und sie veranlasste, die Verordnung über die Nichtigerklärung zurückzuziehen. Die Unruhen in den Südstaaten hielten jedoch an und führten schließlich 1861 zum Ausbruch des Bürgerkriegs.
