Schwarze Jaguare und gefleckte Jaguare sind die gleichen Arten. Das dunkle Fell schwarzer Jaguare entsteht durch Melanismus – eine überdurchschnittliche Ablagerung von schwarzem Pigment. Einige melanistische Jaguare haben sichtbare Flecken, während andere einfarbig schwarz sind.
Viele Leute verwenden den Sammelbegriff "schwarzer Panther" für jede große schwarze Katze. Schwarze Panther sind keine eigenständige Art, sondern eine existierende Art, die die genetische Mutation "Melanismus" aufweist. Melanismus ist einfach der Überfluss an dunklem Pigment und tritt bei einigen Tigern und Leoparden sowie Jaguaren auf. Bei den meisten Katzen ist Melanismus ein rezessives Merkmal, was bedeutet, dass die Katze zwei Kopien des mutierten Allels besitzen muss, um eine schwarze Färbung zu zeigen. Bei Jaguaren ist der Melanismus jedoch unvollständig dominant. Ein Jaguar mit einer einzelnen Kopie des mutierten Allels zeigt eine überdurchschnittliche Färbung, ist aber nicht so dunkel wie ein Individuum mit zwei Kopien. Obwohl es sich um ein dominantes Merkmal handelt, tritt Melanismus nur bei 6 Prozent der Jaguarpopulation auf. Es wird spekuliert, dass Melanismus in Regionen mit dichterem Wald, in denen dunkles Fell eine bessere Tarnung bietet, lokal häufiger vorkommt.
Einige schwarze Jaguare sind eigentlich pseudomelanistisch; "Fülle" ist ein anderer Name für diese Mutation. Anstatt eine Zunahme des gesamten schwarzen Pigments zu verursachen, führt die Fülle dazu, dass die Markierungen überreichlich sind. In einigen Fällen sind die Flecken so häufig, dass sie zusammenlaufen, wodurch die pseudo-melanistische Katze völlig schwarz erscheint.
