Die Quelle des Missouri River liegt bei Brower's Spring an der Quelle des Nebenflusses Jefferson River. Brower's Spring wurde in den 1890er Jahren in den Centennial Mountains von Jacob V. Brower entdeckt.
Die Quelle eines Flusses ist definiert als der Punkt des Flusses, der am weitesten von seinem Ende entfernt ist. Als Lewis und Clark jedoch das Gebiet erreichten, das heute der Missouri Headwaters State Park ist, entschied Lewis, dass keine der drei Gabeln den anderen überlegen sei und sagte, dass der Ort an drei Gabeln die Quelle des Missouri sei. Um die Quelle des Missouri zu bestimmen, musste die Lewis and Clark Trail Heritage Foundation daher bestimmen, welcher der drei Nebenflüsse der längste ist.