Das einzige nichtmenschliche Raubtier, das groß genug ist, um eine erwachsene Grüne Meeresschildkröte zu gefährden, ist der Hai. Schlüpflinge sind jedoch anfällig für Krabben, Möwen, Haie, Fische und Säugetiere. Obwohl sie vom Aussterben bedroht sind, sind Grüne Meeresschildkröten auch anfällig für Menschen, die sie wegen ihres Fleisches, ihrer Schalen und Eier töten.
Grüne Meeresschildkröten sind am anfälligsten, wenn sie gerade geschlüpft sind. Als Jungtiere arbeiten sie zusammen, um an der Oberfläche des Strandes zu graben und zum Meer zu fahren, wobei sie die Reflexion des Mondlichts auf der Wasseroberfläche nutzen, um sich selbst zu leiten. Künstliche Lichter können jedoch dazu führen, dass sie die Orientierung verlieren und in die falsche Richtung gehen, was zum Tod von Jungtieren beiträgt und sie mehr Raubtieren aussetzt. Von hundert Jungtieren überleben im Durchschnitt nur ein oder zwei ihr erstes Jahr.
Grüne Meeresschildkröten sind auch anfällig für Umweltverschmutzung, menschliche Entwicklung und Krankheiten, die ihre Population stark verringern. Einige verfangen sich in kommerziellen Fischernetzen und ertrinken, während andere Müll oder Meeresabfälle fressen und auf diese Weise sterben. Jedes Jahr werden auch Schildkröten bei Schiffspropellerunfällen verletzt. Die Küstenentwicklung beseitigt vertraute Nistplätze und lässt weibliche Grüne Schildkröten ohne einen sicheren Ort, um ihre Eier abzulegen. Grüne Meeresschildkröten sind auch anfällig für Fibropapillome, eine Krankheit unbekannten Ursprungs, bei der Tumore auf ihren Weichteilen wachsen.
