Das Hauptproblem im Zusammenhang mit Ökotourismus ist die Tatsache, dass die Wahrscheinlichkeit einer Schädigung dieses Ökosystems steigt, wenn mehr Menschen ein fragiles Ökosystem besuchen. Darüber hinaus kann Ökotourismus die lokale Wirtschaft verzerren, eine massive lokale Inflation verursachen und indigene Völker veranlassen, ihre traditionellen Lebensgrundlagen zugunsten von Arbeitsplätzen in der Dienstleistungsbranche aufzugeben.
Ökotourismus kann ein wertvolles Instrument zur Erhaltung gefährdeter Pflanzen und Tiere sein. Die weltweite Aufmerksamkeit, die der Ökotourismus mit sich bringt, kann das Bewusstsein für Arten am Rande schärfen, und Besucher können dringend benötigte Gelder für Naturschutzprogramme einbringen. Mit steigenden Tourismus-Dollars steigt jedoch auch die Bedrohung für die Umwelt.
Eine schiere Besucherzahl kann zu Problemen mit Ressourcenerschöpfung und Umweltverschmutzung führen. Die Notwendigkeit, Wege und Einrichtungen für Besucher zu schaffen, kann Lebensräume beschädigen und Tiere aus ihren Häusern vertreiben. Nicht lizenzierte oder schlecht ausgebildete Guides können Besucher ohne Rücksicht auf die Tierwelt in gefährdete Gebiete bringen, was das Verletzungsrisiko erhöht. In einigen Fällen können Arten, die im Mittelpunkt der Ökotourismus-Attraktion stehen, zu Zielen für Diebstahl und Schmuggel werden und reichen Ausländern Schwarzmarkttiere anbieten.
Ökotourismus kann sich auch negativ auf die lokale Wirtschaft auswirken. Unternehmen, die touristische Dienstleistungen anbieten, bieten möglicherweise bessere Arbeitsplätze als traditionelle Berufe in der Gemeinde und entziehen Städten und Dörfern Dienstleistungen, die sie möglicherweise benötigen. In primitiven Gebieten kann dies die lokale Wirtschaft so stark verzerren, dass Gemeinden ohne einen ständigen Zufluss von Geld und Ressourcen nicht überleben können.
