Ökotourismus kann die erforderlichen Mittel für Naturschutzbemühungen auf der ganzen Welt einbringen, aber auch die Tierwelt und die lokale Bevölkerung belasten, wenn er nicht richtig gehandhabt wird. Je mehr Besucher ein fragiles Ökosystem jedes Jahr hat, desto wahrscheinlicher ist es, dass der Verkehr Lebensräume beschädigt und die lokale Umwelt beeinträchtigt. Ökotourismus kann auch externe Investitionen und Entwicklung auf Kosten lokaler Arbeitsplätze und Infrastruktur in eine Region bringen.
Ein großer Nachteil des Ökotourismus besteht darin, dass er die lokale Wirtschaft oft in eine Tourismuswirtschaft umwandelt, wodurch die natürlichen wirtschaftlichen Aussichten der Region zugunsten wohlhabender Ausländer erstickt werden. Dies kann die lokale Industrie und Landwirtschaft zerstören, da die Arbeiter bessere Löhne für die Gäste finden und zu einer wirtschaftlichen Abwärtsspirale führen. Ein Geldzufluss von außen kann dies etwas ausgleichen, macht die lokale Wirtschaft jedoch vollständig von ausländischen Geldern abhängig, was eine prekäre wirtschaftliche Situation darstellt.
Tourismusabteilungen müssen ein Gleichgewicht zwischen dem Zugang zu seltenen Wildtieren und dem Schutz gefährdeter Pflanzen und Tiere finden. Wenn Touristen seltene Lebensräume und ihre Bewohner nicht sehen können, gibt es keinen Grund, das Gebiet zu besuchen, aber zu viel Verkehr kann sich negativ auswirken. Bei unzureichender Regulierung bieten lokale Führer den Besuchern möglicherweise die Möglichkeit, regulierte Aktivitäten zu umgehen, was möglicherweise den Tieren im Zentrum der Ökotourismusbranche schadet.
