Beispiele für saprophytische Pilze können Rhizobium und Rhizopus sein. Saprophytische Organismen zeichnen sich durch ihre Fähigkeit aus, sich selbst zu ernähren, indem sie sich von toten und verrottenden organischen Materialien ernähren.
Pilze wie Rhizobium tragen zur Erhaltung des Pflanzenlebens bei, indem sie Ammoniak für die umgebende Vegetation bereitstellen, indem sie aus der Luft absorbierten Stickstoff nutzen. Rhizopus ist ein Pilz, der häufig auf Brot vorkommt und dazu führt, dass es in einfachere Nährstoffe zerfällt, die von anderen Organismen verwendet werden können. Saprophytische Pilze sind aufgrund ihrer Funktion, die Ansammlung von abgestorbener organischer Substanz und das Recycling von Nährstoffen zu verhindern, für das Ökosystem unerlässlich. Sie verwenden Enzyme, um die Körper von toten Tieren oder Pflanzenmaterial in Nährstoffe wie Lignin zu zerlegen, die als Kohlenstoffquelle für das Ökosystem dienen.