Beispiele für fakultativ anaerobe Bakterien sind Salmonellen und E. coli. Fakultativ anaerobe Bakterien sind Mitglieder der taxonomischen Familien Enterobacteriaceae, Vibrionaceae und Pasteurellaceae. Viele der Arten in diesen Familien sind Krankheitserreger bei Menschen, anderen Tieren oder Pflanzen.
Fakultativ anaerobe Bakterien sind sowohl zur aeroben Atmung als auch entweder zur Fermentation oder zur anaeroben Atmung in der Lage. Viele Organismen außer Bakterien sind fakultativ anaerob und umfassen einige Pilze und Polychaetenwürmer. Fakulativ anaerobe Bakterien sind allgegenwärtig und im Boden, im Wasser und in Organismen verbreitet. Nicht alle Arten verursachen Krankheiten, sind aber Teil der normalen Darmflora der Tiere. Einige Arten wie E. coli sind oft harmlos.
Enterobacteriaceae ist die Familie, die neben vielen anderen Gruppen gefährlicher Krankheitserreger die verbreiteten durch Lebensmittel übertragenen Bakterien Salmonellen und E. coli enthält. Zu den Vibrionaceae-Arten gehört Vibrio Cholera, eine tödliche Krankheit, die durch Abwasser und kontaminierte Lebensmittel verbreitet wird. Diese Art bewirkt, dass große Mengen Wasser in den Darm abgegeben werden, was zu einer schnellen Austrocknung führt. Zu den Vibrionaceae gehören auch Photobakterien, eine Gruppe, die Licht produziert und in den lichterzeugenden Organen einiger Tiefseefische zu finden ist. Pasteurellaceae umfasst Pastuerella-Arten, die häufige Krankheitserreger von Haustieren sind, sowie Haemophilus, die in den oberen Atemwegen verbreitet sind und zum Überleben eine Komponente des Hämoglobins benötigen.
