Archaebakterien sind einzellige Organismen, die häufig an sehr unwirtlichen Orten mit extremen Temperaturschwankungen oder in Wasser mit hohem Alkali- oder Säuregehalt gefunden werden. Der Begriff Archaebakterien wurde weithin für die Verwendung von Archaeen aufgegeben , da sie eine eigene Klasse von Organismen und keine Bakterien sind.
Archaebakterien wurden in den 1970er Jahren von Dr. Carl Woese entdeckt, der feststellte, dass sie aufgrund ihrer genetischen und biochemischen Unterschiede nicht als andere einzellige Organismen wie Eukaryoten oder Eubakterien klassifiziert werden konnten. Archaebakterien haben hochresistente Zellmembranen mit Zuckern und Aminosäuren, die sich von denen unterscheiden, die typischerweise in den Zellmembranen von Bakterien vorkommen. Archaebakterien können aufgrund der chemischen Struktur ihrer Zellwände äußeren Einflüssen standhalten, die für Bakterien tödlich wären. Sie sind sehr geschickt darin, in Gebieten zu überleben, in denen andere Organismen dies nicht können, wie etwa in der Nähe von geothermischen Quellen unter Wasser oder in Wasser mit hohem Salzgehalt, das ansonsten Fische und andere Mikroorganismen abtöten oder abwehren würde.
Archaebakterien, die als Methanogene bekannt sind, kommen im Verdauungssystem verschiedener Arten von Säugetieren, Insekten und Fischen vor und produzieren Methan als Teil ihres Energieproduktionsprozesses. Thermophile können in Lebensräumen mit hohen Temperaturen überleben, während Psychrophile in extrem kalten Umgebungen leben. Halophile kommen in Umgebungen mit hohem Salzgehalt vor. Archaebakterien kommen auch in gastfreundlicheren Umgebungen wie Marschland, Boden und Meerwasser vor.