Vakuolen variieren in ihrer Funktion zwischen Organismen und sogar innerhalb derselben Zelle, aber die häufigste Verwendung ist die Speicherung von Wasser oder Nährstoffen. Eine Vakuole ist in Wirklichkeit eine leere Membranorganelle für allgemeine Zwecke, die gefüllt mit allem, was die Zelle braucht, um vom Rest des Zytoplasmas getrennt zu bleiben. Als solche speichern verschiedene Vakuolen auch Abfall oder sogar Toxine, und einige Organismen haben andere Verwendungszwecke dafür.
Laut der City University of New York sind Pflanzenzellen besonders abhängig von ihren Vakuolen, insbesondere einer großen zentralen Vakuole. Diese große Vakuole, die oft den Großteil des Zellvolumens einnimmt, ist meist mit Wasser, aber auch Abfall und anderen Stoffen gefüllt. Das Bemerkenswerte an dieser Vakuole ist jedoch ihre strukturelle Rolle. Pflanzenzellen fehlt das auf Proteinen basierende Zytoskelett, das tierischen Zellen hilft, ihre Form zu behalten. Stattdessen nutzen sie den Druck ihrer aufgeblasenen zentralen Vakuolen gegen ihre harten Zellwände, um ihre Form zu erhalten, ähnlich wie bei einem Mylar-Ballon.
Da Vakuole eigentlich ein allgemeiner Begriff für eine hohle, membrangebundene Organelle ist, gilt der Name auch für die etwas anderen Organellen, die als kontraktile Vakuolen bekannt sind. Diese kommen in vielen einzelligen Organismen vor und helfen, den Wasserhaushalt aufrechtzuerhalten, indem sie überschüssiges Wasser physikalisch aus dem Inneren der Zelle pumpen.
