Eine kontraktile Vakuole ist eine Organelle in einzelligen Organismen, die der Zelle hilft, Abfallstoffe und überschüssiges Wasser zu entfernen. Sie kommt hauptsächlich in Süßwasserprotisten und Algen vor. Sie sind notwendig, weil in Süßwasser die Konzentration der gelösten Stoffe innerhalb einer Zelle höher ist als außerhalb der Zelle, sodass die Zelle ständig Wasser durch Osmose aufnimmt.
Vakuolen sind normalerweise Organellen, die für die Lagerung von Abfällen oder Wasser und anderen Ressourcen bestimmt sind. Anders die kontraktile Vakuole, die wegen ihrer regelmäßigen Pumpwirkung auch als pulsierende Vakuole bekannt ist. Es speichert seinen Inhalt nur wenige Sekunden, bevor er ihn aus der Zelle ausscheidet. Sie sind für die Organismen, die sie besitzen, von entscheidender Bedeutung, da sich die Zellen ohne sie mit Wasser ausdehnen und möglicherweise sogar explodieren würden.
Während kontraktile Vakuolen hauptsächlich bei einzelligen Süßwasserarten vorkommen, kommen sie bei einigen marinen und terrestrischen Organismen vor. Sie treten auch in den frühen Stadien einiger Pilze sowie in Schwämmen auf.
Den meisten Meeresbewohnern fehlen diese Strukturen, da das Wasser um sie herum viele gelöste Stoffe enthält, die verhindern, dass Wasser in die Zellen strömt. Die Arten, die kontraktile Vakuolen in Umgebungen ohne Süßwasser besitzen, haben einen extrem hohen Gehalt an gelösten Stoffen in ihrem Zytoplasma und verwenden immer die Vakuolen.